Quvert à Jérusalem en décembre 1852 par le Patriarche Valerga, le séminaire a été transféré à Beit Jala le 7 septembre 1857. En raison des circonstances, il est revenu plusieurs fois à Jérusalem, mais Beit Jala demeure le lieu où il est établi de façon permanente depuis le 7 juillet 1936.

Dirigé en premier lieu par des prêtres du Patriarcat, il a été confié aux bénédictins de l'abbaye de la Dormition en octobre 1921, puis au prêtres Bétharramistes du Sacré-Cœur en octobre 1932. Depuis juin 1980, il est à nouveau sous la direction des prêtres du Patriarcat Latin, les Sœurs de Saint Charles de Borromeo ont servi dans le séminaire de 1921 à 1929 mais ont depuis été remplacées par les Sœurs de Sainte Dorothée.

Le cursus comprend une année d'introduction à la spiritualité, une année en France afin de maîtriser la langue française, deux années de philosophie suivies de quatre années de théologie, puis une année de pastorale en paroisse avant le diaconat. Le cursus de théologie a été affilié à l'Université Pontificale du Latran de Rome le 3 mai 1967 et celui de philosophie le 30 avril 1976. Ces affiliations permettent aux étudiants de recevoir, à la fin de chaque cursus, respectivement, une licence de théologie et de philosophie.

Les programmes académiques et la formation sont basés sur le Ratio Fundamentalis , l'Exhortation Apostolique Pastores Dabo Vobis , l'Ordo de l'Université Pontificale du Latran et le Ratio Studiorum du séminaire qui a été mis à jour en 1990 et publié dans le Calendrier Académique Général. Les cours sont dispensés en Arabe, Français et occasionnellement en Anglais.

Fondé principalement pour former le clergé local, le séminaire a été et reste ouvert aux étudiants des autres institutions et pays qui désirent se préparer au service de l'Eglise de Terre Sainte. Depuis son ouverture en 1852 jusqu'à l'année scolaire 2001/2002, 267 séminaristes ont été ordonnés prêtres, 11 d'entre eux sont devenus évêques et 2 sont devenus patriarches