فتُتح المعهد القدس في كانون الأول عام 1852 على يد البطريرك المؤسس يوسف فاليرغا. انتقل الطلاب للسكن في بيت جالا يوم 7 أيلول عام 1857. ثم انتقل المعهد مجدّدًا بسبب الظروف إلى القدس، إلى أن استقرّ نهائيًّا في بيت جالا في 7 تموز 1936.

كانت إدارة المعهد في البداية بيد كهنة البطريركية أنفسهم. ثم انتقلت إلى الآباء البندكتان الألمان (جبل صهيون) في تشرين الأول عام 1921، وبعد ذلك إلى آباء القلب الأقدس (بيترام) في تشرين الأول عام 1932. ومنذ تموز 1980، عاد الأكليروس الأبرشي إلى إدارة المعهد وما زال. قامت راهبات القديس شارل بوروميوس بخدمة المعهد من سنة1921 – 1929، ثم أتت راهبات القديسة دوروثيا للقلبين الأقدسين للقيام بنفس الخدمة، وما زلن.

يشتمل المنهاج الدراسي على سنة روحية تحضيرية، تتبعها سنة كاملة لدراسة اللغة الفرنسية التي هي لغة التعليم في المعهد، ثم سنتان لدراسة الفلفسة وأربع سنات لدراسة اللاهوت، تتخلّلها سنة خبرة رعوية في إحدى رعايا الأبرشية قبل الحصول على درجة الشماسيّة الإنجيلية. أصبحت كلية اللاهوت في المعهد فرعًا من جامعة اللاطران البابوية في 3 أيار 1967، وكلية الفلسفة فرعًا من الجامعة نفسها في 3 نيسان 1976. وهذا أمر يؤهّل طلاب المعهد على الحصول على درجة البكالوريوس في الفلسفة واللاهوت في نهاية فترة الدراسة.

أما برنامج الدروس والمواد التعليمية فمبنيّ على تعليمات الكرسي الرسولي والرسالة البابوية "أعطيكم رعاة"، وبرناج جامعة اللاطران البابوية، بالإضافة إلى برنامج الدروس الخاص بالمعهد، والذي تمّ تجديدة عام 1990. وهو يُنشر في بداية كل سنة باللغة العربية والفرنسية، وأحيانًا باللغة الإنجليزية.

هدف المعهد هو تنشئة كهنة أبرشيّين محليّين. لكنّ أبوابه مفتوحة لمؤسسات كنسيّة وبلاد أخرى  تريد أن تخدم كنيسة الأرض المقدسة. ومنذ تأسيسه عام 1852 حتى السنة الدراسية 2001/2002، تخرّج من المعهد 267 كاهنًا، منهم 11 أسقفًا، بينهم بطريركان.